甲流主要是感病毒感染引起的，潜伏期多为1～3天。典型的临床特征为急骤起病，高热、头痛、全身肌肉酸痛、乏力和轻度呼吸道症状。体温常在数小时至24小时达高峰，可达39～40℃，甚至更高或伴有寒颤，可伴有干咳、鼻塞、流鼻涕等呼吸道症状。部分患者可伴有眼结膜充血、胸骨后不适以及呕吐、腹痛、腹泻或便秘等胃肠道症状。无并发症者病程多呈自限性，第3～4天后体温逐渐消退，全身症状好转，但咳嗽和疲倦感可迁延多日，恢复常需1～2周。
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